衡阳工商业发达，为国家老工业基地，20世纪30年代末至90年代初与武汉、广州为中南地区三大工商业中心之一。郴州、零陵（今永州）曾长期隶属于衡阳，毗邻广东、广西，是粤、桂、滇、黔、赣等省的商品集散地，为沿海向内陆过渡的接轨地带，交通十分便利，物产丰富，是湖南重要的出口创汇地区。随着改革开放由沿海、沿边、沿江向内陆深入，衡阳的战略地位愈益突出，衡阳的对外科学文化交流不断增加，对外经济贸易额迅猛发展，加工贸易进出口总额一直居湖南省前二位。

衡阳为中南重镇，两广门户，设立海关机构历史较长。

1936年武汉海关在衡阳设立衡阳支关。

1953年江汉海关在衡阳设立衡阳车站海关监管组，1954年4月撤消。

改革开放以来，为促进衡阳、湘南地区对外经济贸易的发展和对外交流，长沙海关于1989年8月设立衡阳海关监管组。

1992年12月28日，为了适应改革开放和对外经济贸易的需要，经国家海关总署批准，成立长沙海关驻衡阳办事处，海关机构的设立对衡阳、湘南地区外向型经济的发展起到了重要促进作用。

1997年12月8日，经国务院批准，海关总署下发长沙海关驻衡阳办事处升格为“中华人民共和国衡阳海关”^[2]  。

1997年12月28日，衡阳海关驻郴州监管组成立。

1999年8月，衡阳海关缉私分局成立。

2001年12月28日，衡阳海关驻衡阳火车站货场海关监管点成立。

2008年9月26日，衡阳海关驻永州监管组成立。

2010年1月18日，衡阳海关驻瓦园（廖田镇）货场海关监管点成立。